делал я недавно похожую работу.
Во всех базах в документы и справочники добавлял общий реквизит "источник" и в каждой базе заполнил своим значением. Задача на первом этапе была все слить ничего не объединяя при загрузке, кроме справочника Организации.
Правила обмена создал по умолчанию, плюс везде проставил поле поиска "источник". По Уид поиск не делал т.к базы создавали копированием.
Дальше все слил и с помощью поиск и замена объединял дубли по указаниям самих пользователей базы.
Даже после таких махинаций всплыло много косяков, которые долго разгребали, таких как:
- одинаковые коды справочников в разных базах
- снятие уникальности номера и кода в базах источниках
- создание баз источников копированием (поиск по уид - не прокатит)
- не правильное проставление полей поиска (единицы измерения слились криво т.к. не проставил соответствие по коэффициенту)
- и др - не помню уже.
При объединении дублей приоритетом были элементы из базы А, соответственно в обработке замены дублей я это прописывал при определениии правильного элемента.