Вот что говориться на ИТС:
Порядковый номер является обязательным реквизитом счета-фактуры (пп. 1 п. 5, пп. 1 п. 5.1 ст. 169 НК РФ, п. 1 Правил заполнения счета-фактуры, утв. Постановлением № 1137). Однако конкретные правила нумерации счетов-фактур данными нормами не устанавливаются.
Практика нумерации счетов-фактур предусматривает следующее:
нумерация должна быть возрастающей в целом по организации и сквозной;
период возобновления нумерации может устанавливаться любым: день, месяц, квартал, год и т.д.;
в состав номера могут входить не только цифры, но и цифры с буквами, а также иные знаки.
Исключение составляет только разделительный знак, который Минфин России не рекомендовал налогоплательщикам применять в нумерации счетов-фактур во всех иных случаях, отличных от реализации товаров (работ, услуг) через обособленные подразделения или участником товарищества или доверительным управляющим (письма Минфина России от 22.05.2012 № 03-07-09/59, от 15.05.2012 № 03-07-09/53, от 15.05.2012 № 03-07-09/52).
Таким образом, должна соблюдаться сквозная возрастающая нумерация бумажных и электронных счетов-фактур подряд.
В то же время обращаем внимание, что согласно абз. 2 п. 2 ст. 169 НК РФ ошибки в порядке нумерации, не препятствующие налоговым органам при проведении налоговой проверки идентифицировать продавца, покупателя товаров (работ, услуг), имущественных прав, наименование товаров (работ, услуг), имущественных прав, их стоимость, а также налоговую ставку и сумму налога, предъявленную покупателю, не являются основанием для отказа в принятии к вычету сумм налога.